Atomy nie są identyczne: różnią się liczbą protonów i neutronów w jądrze, jak również liczbą elektronów w powłoce. Porządkuje się zatem atomy w „układzie okresowym” według rosnącej liczby protonów (liczby atomowej). Wodór ma tylko jeden proton, zajmuje więc pierwsze miejsce na górze po lewej stronie. W neonie (drugi rząd, całkiem po prawej stronie) znajduje się natomiast już dziesięć protonów, a więc jego liczba atomowa to 10. Ostatnim pierwiastkiem naturalnym jest uran. W jego jądrze znajdują się 92 protony.